（DOI: 10.1093/nar/gkaf1246）

2025年
，中山大學鄭淩伶/廣州實驗室苗智超團隊聯合在《Nucleic Acids Research》發表題為“GlycoRNAdb: a database of glycoRNA sequences, structures, abundance, and glycan information across tissues and cell lines”的研究論文。他們最近開發並發表的GlycoRNAdb數據庫平台（http://www.glycornadb.com），是首個綜合性glycoRNA數據庫。該平台整合了來自人類和小鼠不同組織及細胞係的實驗數據，係統收錄了3379個經過實驗驗證或富集分析鑒定的glycoRNA條目，提供了包括RNA序列、糖基化位點、二級結構、表達豐度以及詳細的糖鏈組成（如單糖組成
、連接方式）在內的多維注釋信息，填補了該領域專用數據庫的空白。

GlycoRNAdb收集了目前所有可公開獲取的glycoRNA數據，涵蓋32種組織/細胞類型和11種RNA類別（如tRNA、snoRNA、snRNA等），支持1426個質譜數據集和21篇文獻來源。建立了符合FAIR原則（可發現、可訪問、互操作、可重用）的數據處理流程。針對RNAwenkuzhibeifangfadebutong，zuozhecaiyongleyouhuadefenxiguandao
，tebieshixitongxingdijiangnizhuanluzhongzhiweidianzuoweiqianzaitangjihuaweidiandeguanjianzhishibiaoji。tongguoduicexushenduhefugaidudejisuan
，GlycoRNAdb不僅收錄了人類（GRCh38）和小鼠（GRCm39）的轉錄本信息，還利用R2DT工具預測了RNA二級結構，並將糖基化峰值映射到基因組特征上，從而精確識別出富集的glycoRNA序列。

GlycoRNAdb網站構建了六大核心功能模塊：

（1）數據集：統一元數據維度包括發表年份、物種
、組織來源等；

（2）序列：支持關鍵詞
、轉錄本ID或GlycoRNAdb定義的標識符精確查詢；

（3）BLAST：通過序列同源性鑒定潛在glycoRNA；

（4）JBrowse：可視化基因組背景下的修飾位點；

（5）表達豐度：通過熱圖和柱狀圖量化組織或細胞類型特異性表達；

（6）糖鏈信息：詳細描述位點特異性修飾的質譜指數
、分子式、糖苷鍵連接方式和單糖組成。

用戶可以通過關鍵詞（如RNA類型、基因名）快速檢索，查看糖基化位點在RNA二級結構上的空間分布。特別是JBrowse模塊，允許用戶在基因組上下文中查看glycoRNA位點與其他RNA修飾的相對位置；而糖鏈信息模塊則通過質譜數據，可視化展示了從人體組織中鑒定出的複雜糖鏈結構（如唾液酸、岩藻糖修飾）及其化學連接方式。

作為功能演示，作者以snoRNA（小核仁RNA） SNORD3B-1（hsa-glycoRNA-1）為例
，展示了數據庫的深度分析能力。通過序列模塊
，用戶可以清晰地看到該RNA在HeLa和H9細胞係中經過RT-stop驗證的糖基化位點（如U134位點）。表達豐度分析顯示，SNORD3B-1在glycoRNA富集文庫中的豐度顯著高於Input對照組（在H9細胞中log2FC高達3.49）
，有力支持了其作為保守糖基化靶點的身份。

其次，使用BLAST模塊成功鑒定了一段未表征RNA序列為tRNA-Ile（hsa-glycoRNA-145a）
，並通過JBrowse界麵發現其預測的糖基化位點與acp3U修飾位點在空間上緊密相鄰（E）
，這與近期發現acp3U作為glycoRNA連接子的研究結果一致。

數據庫特別整合了其他RNA修飾（如acp3U、t6A、m6A、m5C等）的注釋信息，通過JBrowse可視化界麵
，研究人員可以係統探究糖基化與其他RNA修飾類型的相互作用。