微量RNA甲基化(m6A)免疫共沉澱高通量測序(meRIP-seq)
項目簡介
RNA 甲基化指發生在RNA 分子上不同位置的甲基化修飾現象，常見的RNA轉錄後修飾方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine，m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine，m5C)等。
最新研究發現，m6A修飾在調控基因表達、剪接、RNA 編輯、RNA 穩定性、控製mRNA壽命和降解、介導環狀RNA翻譯等方麵扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解決細胞分化，生物發育、疾病發生發展，熱休克反應等生物學問題。
表觀生物最新開發微量meRIP-seq技術，通過技術優化，大幅降低meRIP的樣本要求量，500ng-20ug 總RNA即可滿足實驗要求。利用最新的去rRNA技術，可以同時檢測mRNA, lncRNA及環狀RNA的甲基化修飾譜，幫助研究人員對RNA轉錄後甲基化修飾圖譜進行全麵研究，是表觀轉錄組學研究的關鍵技術。
技術流程：
甲基化RNA免疫共沉澱 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基於抗體特異性結合甲基化修飾的堿基的原理，以RNA免疫共沉澱富集甲基化修飾片段為基礎，然後通過高通量測序，在全轉錄組範圍內研究發生甲基化的RNA區域，高效獲得結果。
優勢與應用
技術優勢
1. 樣本要求低，500 ng~20 μg總RNA即可
2. 分析內容再次升級，囊括高分文章熱門圖
3. 實驗技術與生信分析技術過硬，motif 分析結果保證有顯著RRACH 特征，如無可申請全額退款或者免費重測！
技術應用
1. 繪製全轉錄組的m6A修飾圖譜
2. 研究腫瘤等疾病的m6A修飾異常表達
3. 研究各種生理/ 病理過程決定細胞命運的調控機製
送樣要求
樣本物種： 僅限人、大小鼠物種，其他物種需評估
≥ 5 μg/樣本，RIN 值≥ 6
總RNA
5x10⁶~10⁷
細胞數量
10~20 mg
組織質量
基礎與高級分析
基本分析
1.測序原始reads去接頭，質量控製（QC）
2.參考基因組比對（Mapping）
3.富集區域鑒定（PeakCalling）
4.富集區域注釋（PeakAnno）
5.lncRNA修飾分析、mRNA修飾分析
6.富集區域metagene plot圖、pie plot圖、venny圖
7.Motif分析
8.Peak基因GO和KEGG分析
9.差異Peak分析（即差異RNA修飾mRNA、lncRNA）
10.差異Peak基因GO和KEGG分析
高級分析
1.單位點修飾預測分析（SingleSite）
2.差異RNA修飾熱圖（Heatmap）
3.累計分布曲線分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）
4.關聯分析（與RNA-seq 關聯分析或多組學關聯分析）
5.關聯分析四象限圖
6.關聯分析熱圖（Heatmap）
7.IGV峰圖（附5個基因）
表觀生物實測數據
Peak在RNA結構上的分布pie圖
Peak在RNA結構上的分布metageneplot圖
motif分析結果
RNA修飾位點交集韋恩圖
差異RNA修飾水平聚類熱圖
IGV基因峰圖
UCSC導出peak序列（與單位點修飾預測分析一致）
多組學關聯分析四象限圖（RNA-seq與meRIP-seq）
參考文獻
1.Lin Liu, Yu Wu, Qiuli Li,et al. METTL3 Promotes Tumorigenesis and Metastasis through BMI1 m6A Methylation in Oral Squamous Cell Carcinoma. Molecular Therapy. 2020: 28(10).【客戶文章】
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3. Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.
4.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4
5.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.