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BD Rhapsody 單細胞轉錄組測序

圖2

項目簡介

BD Rhapsody 單細胞轉錄組測序

普pu通tong的de轉zhuan錄lu組zu測ce序xu獲huo得de的de是shi細xi胞bao群qun整zheng體ti的de基ji因yin轉zhuan錄lu信xin息xi，得de到dao的de測ce序xu信xin號hao也ye是shi細xi胞bao群qun的de平ping均jun信xin號hao，這zhe無wu法fa獲huo得de不bu同tong細xi胞bao內nei不bu同tong表biao達da信xin息xi的de數shu據ju也ye無wu法fa解jie決jue腫zhong瘤liu內nei組zu織zhi異yi質zhi性xing問wen題ti。而er單dan細xi胞bao測ce序xu是shi將jiang細xi胞bao群qun或huo者zhe組zu織zhi塊kuai分fen離li成cheng單dan個ge細xi胞bao並bing分fen別bie進jin行xing標biao記ji，最zui終zhong獲huo得de每mei個ge細xi胞bao的de轉zhuan錄lu本ben信xin息xi。利li用yong單dan細xi胞bao測ce序xu研yan究jiu者zhe可ke以yi從cong單dan個ge細xi胞bao水shui平ping對dui疾ji病bing發fa展zhan中zhong免mian疫yi細xi胞bao分fen化hua、腫瘤異質性和組織發育等方麵進行深入探究。

表觀生物在華南地區率先引進BD Rhapsody^TM danxibaozhuanluzujishupingtai，tuichugaoxingjiabidedanxibaozhuanluzugaotongliangcexufuwu，bangzhushengwuyixueyanjiuzhetishengyanjiugaodubingshenrujieshijibingfashengfazhanjizhi，zhulichuangxinzhiliaobadiandekaifa。

技術原理

BD Rhapsody^TM單細胞建庫流程圖

技術原理

將(jiang)組(zu)織(zhi)內(nei)細(xi)胞(bao)分(fen)離(li)出(chu)來(lai)並(bing)同(tong)細(xi)胞(bao)標(biao)簽(qian)共(gong)同(tong)孵(fu)育(yu)，然(ran)後(hou)對(dui)帶(dai)標(biao)簽(qian)的(de)細(xi)胞(bao)進(jin)行(xing)計(ji)數(shu)和(he)活(huo)力(li)檢(jian)測(ce)。然(ran)後(hou)將(jiang)單(dan)個(ge)細(xi)胞(bao)和(he)磁(ci)珠(zhu)進(jin)行(xing)孵(fu)育(yu)並(bing)洗(xi)去(qu)多(duo)餘(yu)的(de)磁(ci)珠(zhu)，進(jin)而(er)將(jiang)細(xi)胞(bao)裂(lie)解(jie)並(bing)進(jin)行(xing)反(fan)轉(zhuan)錄(lu)和(he)擴(kuo)增(zeng)建(jian)庫(ku)，建(jian)庫(ku)後(hou)即(ji)可(ke)進(jin)行(xing)測(ce)序(xu)。對(dui)含(han)有(you)標(biao)簽(qian)序(xu)列(lie)的(de)數(shu)據(ju)進(jin)行(xing)質(zhi)控(kong)篩(shai)選(xuan)，並(bing)拆(chai)分(fen)數(shu)據(ju)為(wei)每(mei)個(ge)細(xi)胞(bao)一(yi)組(zu)。對(dui)拆(chai)分(fen)後(hou)的(de)數(shu)據(ju)進(jin)行(xing)定(ding)量(liang)分(fen)析(xi)並(bing)分(fen)選(xuan)出(chu)不(bu)同(tong)的(de)細(xi)胞(bao)亞(ya)群(qun)，然(ran)後(hou)根(gen)據(ju)模(mo)型(xing)進(jin)行(xing)細(xi)胞(bao)軌(gui)跡(ji)分(fen)析(xi)用(yong)於(yu)後(hou)續(xu)實(shi)驗(yan)探(tan)究(jiu)，如(ru)下(xia)圖(tu)2所示。

上機流程

上機流程

送樣要求

樣本物種：僅限人物種樣本及小鼠免疫細胞,其它樣本需要評估。

＞5×10⁵

細胞數量

1000個/μL

細胞濃度

5μm - 40μm

細胞尺徑

＞80%

細胞活性

技術應用與優勢

技術應用

1、構建大規模細胞圖譜； 2、鑒定和發現稀有細胞亞型； 3、可探究腫瘤的異質性、微環境、耐藥機製； 4、幹細胞發育及分化；

技術優勢

1、采用微孔沉降方式進行捕獲細胞，條件更溫和，捕獲效率更高； 2、自動化的細胞計數和質控，實驗全程嚴格監控； 3、免費提供組

分析流程

分析流程

單細胞轉錄組測序基本分析內容

1.細胞tag處理 2.序列比對 3.UMI計數 4.低質量細胞過濾 5.主成分分析 6.無監督聚類分析 7.細胞亞群再分群分析

8.差異分析 9.細胞類型注釋 10.細胞間相互作用分析 11.細胞內基因調控網絡分析 12.細胞分化軌跡分析 13.KEGG分析 14.GO分析

數據分析示例1

數據分析示例1

單細胞測序數據質控分析

數據分析示例2

數據分析示例2

PCA主成分分析

數據分析示例 3

數據分析示例 3

t-SNE細胞亞群聚類分析

數據分析示例4

數據分析示例4

細胞類型注釋

數據分析示例5

數據分析示例5

細胞群亞群分析

數據分析示例6

數據分析示例6

細胞間相互作用

數據分析示例7

數據分析示例7

蛋白調控網絡分析

數據分析示例8

數據分析示例8

細胞擬時分析

參考文獻

Zilionis R., Engblom C., Pfirschke C., Savova V., ZemmourD., Saatcioglu H.D., Krishnan I., Maroni G., Meyerovitz C.V., Kerwin C.M., et al., Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species, Immunity 50, 2019, 1317–1334.e10