發現腫瘤特異性外泌體RNA分子標誌物
在當前精準醫學的大背景下，液體活檢作為一項重要的創新技術，有望在癌症早期篩查與診斷、治療方案指導、療效評估及預後測評領域發揮作用，具有極高的臨床應用價值和市場前景。液體活檢主要包括檢測血液中遊離的循環腫瘤細胞( circulating tumor cell，CTC)、循環腫瘤DNA ( circulating tumor DNA，ctDNA)和外泌體等。
外泌體為大小30 ～100 nm 的(de)細(xi)胞(bao)外(wai)泌(mi)性(xing)囊(nang)泡(pao)，具(ju)有(you)脂(zhi)質(zhi)雙(shuang)層(ceng)膜(mo)結(jie)構(gou)。近(jin)年(nian)研(yan)究(jiu)顯(xian)示(shi)，外(wai)泌(mi)體(ti)是(shi)細(xi)胞(bao)與(yu)細(xi)胞(bao)間(jian)通(tong)訊(xun)的(de)重(zhong)要(yao)的(de)分(fen)子(zi)，參(can)與(yu)諸(zhu)多(duo)生(sheng)理(li)與(yu)病(bing)理(li)過(guo)程(cheng)。外(wai)泌(mi)體(ti)中(zhong)不(bu)僅(jin)包(bao)含(han)蛋(dan)白(bai)質(zhi)成(cheng)分(fen)，還(hai)包(bao)括(kuo)一(yi)些(xie)RNA成分，如微小 RNA( microRNA，miRNA) 、長鏈非編碼RNA和mRNA、環狀RNA（circular RNA，circRNA）。外泌體所攜帶的這些 RNA統稱為外泌體來源 RNA,具有完整的序列結構和生物活性，有望作為液體活檢分子標誌物診，在精準醫學發展上有著光明的前景。
優勢
相比與傳統液體活檢所檢測的cfDNA和CTC，外泌體具有以下優勢：
1、外泌體在體液中具有更高的濃度含量，有利於腫瘤的早期診斷；
2、外泌體的脂膜結構對所包含的核酸分子起到良好的保護作用，具有更高的穩定性；
3、外泌體的粒徑較小，通透性強，容易到達各種體液中，為液體活檢提供重要的前提條件；
4、外泌體包含豐富的核酸分子，從mRNA、lncRNA和circRNA等大RNA分子層麵更容易發現腫瘤特異的分子標誌物[1][2]。
表觀生物通過反複比較測試多種外泌體的提取技術，最終擇優采用Qiagen exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit試劑盒，該試劑盒來源於首個通過FDA批準的外泌體診斷公司--美國Exosome Diagnostics, Inc.的核心技術，能夠在25分鍾內快速純化得到細胞外囊泡，並獲得更為全麵的高純度RNA分子，適合用於檢測外泌體中的環狀RNA及其他長片段的線性RNA。
表觀生物自主開發基於機器學習算法的胞外囊泡RNA疾病診斷和預後模型構建工具，結合臨床大樣本，充分發揮胞外囊泡RNA測序數據整體優勢，構建精準的胞外囊泡RNA診斷標誌物模型，為開發創新型診斷試劑盒奠定堅實的基礎。結合最新的高通量測序技術和生物信息分析方案，傾力打造外泌體RNA分子標誌物開發的轉化醫學整體解決方案！
外泌體RNA疾病診斷/預後評估模型構建流程
1. 訓練集和測試集來源於同一中心
2. 獨立驗證集需來源於另一獨立中心
3. 提供的樣本數目要求最少
項目流程
測序方案
1) 測序平台：Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000
2) 測序模式：PE150
3) 測序數據量：>8G/樣本
4) 適用物種：人
5) 樣本類型：限人血漿（推薦）或者血清，每個樣本2-4ml體積
分析內容
1. 去接頭汙染，去低質量reads和測序質量評估
2. 參考基因組比對
3. 全基因組reads分布圖譜
4. 環狀RNA預測
5. 環狀RNA表達差異分析
6. mRNA表達差異分析
7. 差異基因KEGG、GO分析
8．差異lncRNA分析
表觀生物實測數據（機器學習算法構建診斷模型）
參考文獻：
[1]Zheng Q, Bao C, Guo W, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs[J]. Nature communications, 2016, 7.
[2]Guarnerio J, Bezzi M, Jeong J C, et al. Oncogenic role of fusion-circRNAs derived from cancer-associated chromosomal translocations[J]. Cell, 2016, 165(2): 289-302.