翻譯組測序建庫試劑盒（Ribo-seq）
項目簡介
EpiTM Ribosome Profiling Library Kit是一款基於核糖體印跡測序（Ribo-seq）的高分辨率翻譯組測序建庫試劑盒，通過精準捕獲翻譯延伸中的核糖體-mRNA複合物，獲取核糖體保護片段（RPFs），解析翻譯動態、開放閱讀框（ORF）及新生肽鏈信息等。
表觀生物通過技術優化，實現高效特異性的去除rRNA，提高對目的RNA的檢測靈敏度，測序數據中rRNA占比降至平均14%，最低達到5%。本試劑盒適用於適合用於翻譯調控、發現新ORF或探索藥物對翻譯的影響等研究。
試劑盒信息
實驗流程
技術應用
1、了解轉錄本上的核糖體分布、翻譯活性
2、推測翻譯起始位點、ORF位置
3、確定蛋白翻譯效率
4、探究翻譯調控和基因表達情況
5、鑒定新蛋白/新短肽
（doi:10.3390/cells11192966）
研究方向
（1）癌症研究：
翻譯調控機製：如研究異常激活的mRNA翻譯調控網絡；特定致癌基因的翻譯效率與腫瘤進展的關聯性
腫瘤特異性抗原識別：通過分析癌細胞中活躍翻譯的mRNA，識別異常蛋白作為免疫治療的靶點。例如，針對產生大量突變蛋白的腫瘤，Ribo-seq可定位特異性抗原以設計CAR-T等療法
治療抗性研究：如鑒定化療藥物誘導的核糖體暫停位點
（2）疾病機製研究：
翻譯效率異常分析：結合RNA-seq數據，揭示疾病中轉錄與翻譯的調控差異。例如，在神經退行性疾病中識別翻譯暫停現象
非經典翻譯區域發現：檢測基因組中未注釋的翻譯區域（如上遊開放閱讀框），揭示其在疾病發生中的作用
（3）藥物開發與評估：
挖掘靶點：通過核糖體足跡分析，識別治療幹預的新靶點（如翻譯調控因子）
脫靶效應檢測：在基因治療和RNA藥物開發中，精確檢測非目標翻譯事件，提高治療安全性
藥物作用機製研究：實時監測藥物處理後細胞翻譯圖譜的變化，評估療效
實測數據
客戶文章
1. Cancer Commun：NAT10介導的ac4C修飾通過eEF2促進HMGB2翻譯驅動肝癌進展（DOI: 10.1002/cac2.12595）
NAT10敲除後轉錄和翻譯譜的變化（H）；ac4C修飾mRNA的翻譯效率降低（I）
這篇文章為了探究ac4C修飾及其相關乙酰轉移酶NAT10在肝細胞癌（HCC）中的功能機製，並尋找潛在治療靶點。研究使用Ribo-seq分析了NAT10敲除對mRNA翻譯效率的影響，發現NAT10缺失導致ac4C修飾的mRNA翻譯效率顯著降低，尤其是HMGB2 mRNA的核糖體結合減少，但mRNA水平不變。結果揭示了NAT10通過ac4C修飾增強HMGB2翻譯的機製，並鑒定eEF2作為ac4C的"閱讀器"直接結合修飾位點促進翻譯延伸。此外，研究還發現組蛋白去乙酰化酶抑製劑Panobinostat能有效抑製這一通路。
HMGB2 mRNA的核糖體結合減少
2. Cancer Cell：靶向m6A閱讀蛋白IGF2BP2通過調控穀氨酰胺代謝抑製急性髓係白血病（DOI: 10.1016/j.ccell.2022.10.004）
IGF2BP2 KD導致全局翻譯效率累積頻率分布左移，表明翻譯活性降低
這篇文章旨在探究m6A閱讀蛋白IGF2BP2在急性髓係白血病（AML）中的致癌作用及其調控機製，重點關注其對穀氨酰胺代謝的調控，並開發靶向IGF2BP2的小分子抑製劑作為潛在治療策略。
Ribo-seq分析內容：
●分析了IGF2BP2敲除對AML細胞中全局翻譯效率（TE）的影響
●檢測了IGF2BP2靶基因（如MYC、GPT2、SLC1A5）的RPFs和mRNA表達水平，驗證IGF2BP2是否通過促進翻譯調控這些基因
結果：
●Ribo-seq分析結果顯示IGF2BP2 KD導致全局翻譯效率下降，靶基因（如MYC、GPT2、SLC1A5）的核糖體結合顯著減少。
●結合RNA-seq和Ribo-seq數據，揭示了IGF2BP2通過m6A依賴性機製穩定靶基因mRNA並增強其翻譯，從而促進穀氨酰胺代謝通路。
3. Adv Sci：靶向m6A閱讀蛋白IGF2BP2通過調控穀氨酰胺代謝抑製急性髓係白血病（DOI: 10.1002/advs.202406332）
Ribo-seq分析結果
這篇文章探究了m⁶A甲基轉移酶METTL16在雄性減數分裂中的作用，重點關注其對性染色體失活（MSCI）、雙鏈斷裂（DSB）形成、同源重組及關鍵減數分裂基因表達的調控機製。
Ribo-seq分析內容：
通過Ribo-seq研究METTL16缺失對減數分裂相關基因翻譯效率（TE）的影響
結果：
METTL16缺失導致RPFs顯著減少，尤其是MEI4、SPATA22、HORMAD1等減數分裂關鍵基因的翻譯效率下降，而mRNA水平未受影響。
揭示機製：
METTL16通過與翻譯因子（如eIF3B、eIF4A3）及核糖體蛋白互作，調控減數分裂基因的翻譯效率，確保減數分裂進程正常進行。
4. Environ Int：褪黑素通過抑製線粒體ROS-GCN2/elF2α通路緩解砷誘導的血睾屏障損傷（DOI: 10.1016/j.envint.2025.109346）
這篇文章探究砷（As）暴露對血睾屏障（BTB）的破壞機製，並評估褪黑素（melatonin）的保護作用，重點關注線粒體活性氧（mtROS）和整合應激反應（ISR）在其中的作用。
NaAsO2暴露抑製了屏障連接蛋白的翻譯
Ribo-seq分析內容：
使用Ribo-seq分析了砷暴露對Sertoli細胞中BTB關鍵連接蛋白（如N-cadherin、ZO-1）翻譯效率的影響。
結果：
●砷暴露顯著降低N-cadherin和ZO-1的翻譯效率，但不影響其mRNA水平。
●砷通過激活GCN2/elF2α通路（ISR）抑製蛋白質翻譯，導致BTB破壞。
●褪黑素通過恢複SIRT3蛋白水平、減少mtROS生成，逆轉砷誘導的ISR和BTB損傷。
揭示機製：
砷通過線粒體功能障礙（SIRT3降解→mtROS↑）觸發ISR，抑製BTB蛋白翻譯，而褪黑素通過抗氧化途徑保護線粒體功能，維持BTB完整性。