DRUG-seq:基因幹擾下的數字RNA測序技術
項目簡介
Epi™ DRUG-seq 快速轉錄組測序
Epi™ DRUG-seq(Digital mRNA with pertUrbation of Genes)是表觀生物全新開發的快速轉錄組測序技術,該技術針對微量細胞和組織的,采用攜帶Barcode標簽和UMI序列的oligo dT磁珠高效結合mRNA上Poly(A)尾端,進行反轉錄和文庫構建。磁珠的Barcoded標簽可實現多樣本混合構建文庫,而每個序列的UMI可以對捕獲的mRNA序列進行精確定量以降低PCR擴增所帶來的數據偏差。EpiTM DRUG-seq 極大降低了樣本要求和測序成本,可廣泛應用於生命科學基礎研究、轉化醫學及新藥開發等相關領域。
技術應用
1. 流式分選細胞圖譜繪製
2. 高通量基因功能研究
3. 化合物作用靶點分析
4. 腫瘤靶向治療藥物篩選研究
5. 創新藥物開發
送樣要求
樣本類型:
1. 活細胞,100~10000個細胞/樣本,細胞活率≥85%
2. 細胞沉澱,100~10000個細胞/樣本,細胞活率≥85%
3. 加裂解液充分裂解細胞,100~10000個細胞/樣本
樣本物種:
僅限人、大小鼠,其他物種需評估
技術優勢
技術原理
分析內容
基本分析
1. 數據質控
2. 基因比對與統計
3. 基因表達量定量
4. 差異表達分析
4.1 差異基因熱圖
4.2 火山圖
5. 基因功能GO分析
6. 代謝通路KEGG分析
7. 基因集富集GSEA分析
圖1. genebody分布圖(實測)
分析數據展示
圖2. 檢測基因數量(實測)
圖3. 預測上遊調控(Upstream Analysis)
圖4. 預測下遊效應(Downstream Effects)
客戶文章
1. He X, Wang X, Wang H, et al. NeuroD1 Regulated Endothelial Gene Expression to Modulate Transduction of AAV-PHP.eB and Recovery Progress after Ischemic Stroke. Aging Dis. 2023;15(6):2632-2649. Published 2023 Dec 20. doi:10.14336/AD.2023.1213
2. Chen T, Liu S, Yang Z, et al. Investigation roles of Adamts1 and Adamts5 in scleral fibroblasts under hypoxia and mice with form-deprived myopia. Exp Eye Res. 2024;247:110026. doi:10.1016/j.exer.2024.110026
3. Liu L, Ha S, Cao D, Li M, Li Z. Transposition element MERVL regulates DNA demethylation through TET3 in oxidative-damaged mouse preimplantation embryos. Mol Med. 2025;31(1):95. Published 2025 Mar 12. doi:10.1186/s10020-025-01143-3