PANDORA-seq
項目簡介
打開非編碼小RNA的潘多拉魔盒！
非編碼小RNA（small non-coding RNAs, sncRNAs）， 主要長度為15~45bp， 具有細胞調節功能的一類RNA。 傳統的小RNA測序建庫技術主要檢測miRNA、piRNA等， 無法檢測到含有特殊修飾的小RNA。 PANDORA-seq（克服RNA修飾中止的全景RNA展示測序）通過對15-50nt區段的小RNA進行酶學處理，去除影響測序的修飾，完整地呈現包括tsRNA/ rsRNA在內的小RNA圖譜， 打開非編碼小RNA的潘多拉魔盒！
PANDORA-seq (T4PNK 和 AlkB 處理)[1]
技術原理
技術應用
1. 研究tsRNA/rsRNA的生成、調控以及功能
2. 開發tsRNA/rsRNA作為疾病診斷分子標記物
3. 研究RNA相關修飾對tsRNA/rsRNA功能的影響
技術優勢
1. 利用T4PNK，AlkB酶處理小RNA，解決修飾阻礙，產生無偏差sncRNA完整圖譜
2. 增加AlkB Mut蛋白，提升去甲基化效率，降低酶處理對RNA的降解副作用
3. 通過SPORTS1.12分析軟件，將tsRNA和rsRNA圖譜可視化，清晰對比組間差異
4. 同時獲得miRNA、piRNA、tsRNA、rsRNA等數據
技術參數
項目周期：約35~55天
測序數據：20M reads
測序模式：SE75
送樣要求
4 ug
≥200ng/樣本
≥10~5個細胞/樣本
細胞
強烈建議設置生物學重複
分析內容
基本分析
1. 原始數據過濾
2. 基因組比對
3. rRNA database比對
4. tRNA database比對
5. microRNA database比對
6. piRNA database比對
7. Small RNAs 長度及分類統計
8. tsRNA雷達圖
9. miRNA表達差異分析
10. tsRNA表達差異分析
11. piRNA表達差異分析
12. rsRNA表達差異分析
13. 差異表達Small RNAs聚類分析（僅限生物學重複）
高級分析
客戶自選不多於50個sncRNA進行分析：
1. 靶基因預測
2. 靶基因GO富集分析
3. 靶基因KEGG富集分析
圖1. sncRNA長度分布
表觀生物實測數據
圖2. tsRNA種類差異表達熱圖
圖3. tsRNA種類分布雷達圖
圖4. rsRNA序列差異表達火山圖
參考文獻
[1] Shi J, Zhang Y, Tan D, et al. PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications. Nat Cell Biol 2021 04;23(4).